Державне регулювання у галузі карантину рослин здійснюється Верховною Радою України, Кабінетом Міністрів України, Верховною Радою та Радою Міністрів Республіки Крим, спеціально уповноваженими на те державними органами з карантину рослин, іншими державними органами, а також органами місцевого і регіонального самоврядування в порядку, встановленому законодавством.
До повноважень Кабінету Міністрів України у сфері карантину рослин належить:
забезпечення здійснення державної політики у сфері карантину рослин;
розроблення і здійснення відповідних загальнодержавних програм;
спрямування та координація діяльності органів Державної служби з карантину рослин України;
укладення міжнародних договорів;
запровадження (скасування) карантинного режиму в порядку, встановленому цим Законом;
затвердження переліку підкарантинних матеріалів та об'єктів;
здійснення інших повноважень з управління у сфері карантину рослин.