Державне регулювання у галузі карантину рослин здійснюється Верховною Радою України, Кабінетом Міністрів України, Верховною Радою та Радою Міністрів Республіки Крим, спеціально уповноваженими на те державними органами з карантину рослин, іншими державними органами, а також органами місцевого і регіонального самоврядування в порядку, встановленому законодавством.