До повноважень Кабінету Міністрів України у сфері карантину рослин належать:
забезпечення здійснення державної політики у сфері карантину рослин;
розроблення і здійснення відповідних загальнодержавних програм;
спрямування та координація діяльності центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері карантину рослин;
укладення міжнародних договорів від імені Уряду України, включаючи договори про визнання еквівалентності певних фітосанітарних заходів;
запровадження та скасування карантинного режиму в порядку, встановленому цим Законом;
встановлення для центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері карантину рослин, переліку платних послуг та їх розміру;
затвердження переліку об’єктів регулювання, порядку видачі карантинного сертифіката, фітосанітарного сертифіката, фітосанітарного сертифіката на реекспорт та строку їх дії;
{Абзац восьмий статті 4 із змінами, внесеними згідно із Законом № 867-VIII від 08.12.2015 }
здійснення інших повноважень у сфері карантину рослин відповідно до Конституції та законів України.