До повноважень Кабінету Міністрів України у сфері карантину рослин належить:
забезпечення здійснення державної політики у сфері карантину рослин;
розроблення і здійснення відповідних загальнодержавних програм;
спрямування та координація діяльності органів Державної служби з карантину рослин України;
укладення міжнародних договорів;
запровадження (скасування) карантинного режиму в порядку, встановленому цим Законом;
затвердження переліку підкарантинних матеріалів та об'єктів;
здійснення інших повноважень з управління у сфері карантину рослин.