До повноважень Кабінету Міністрів України у сфері карантину рослин належать:
забезпечення здійснення державної політики у сфері карантину рослин;
розроблення і здійснення відповідних загальнодержавних програм;
спрямування та координація діяльності органів Державної служби з карантину рослин України;
укладення міжнародних договорів від імені Уряду України, включаючи договори про визнання еквівалентності певних фітосанітарних заходів;
запровадження та скасування карантинного режиму в порядку, встановленому цим Законом;
встановлення для органів Державної служби з карантину рослин України переліку платних послуг та їх розміру ( 578-2008-п );
затвердження переліку об'єктів регулювання, порядку видачі карантинного дозволу, карантинного сертифіката, фітосанітарного сертифіката, фітосанітарного сертифіката на реекспорт та строку їх дії;
здійснення інших повноважень у сфері карантину рослин відповідно до Конституції ( 254к/96-ВР ) та законів України.