Система функціонування ФОН передбачає:
укладення управителем ФОН договору із забудовником на умовах цього Закону;
залучення коштів шляхом випуску та розміщення сертифікатів ФОН;
здійснення управителем ФОН операцій з нерухомістю;
здійснення управителем ФОН нагляду за ходом будівництва;
забезпечення проведення реєстрації спеціального майнового права на об’єкти інвестування (обтяження речових прав на користь управителя ФОН, який сплатив частково ціну об’єкта інвестування), права власності на нерухомість, набуту від здійснення операцій з нерухомістю, на ім’я управителя ФОН або управителя системи ФОН-ФФБ, який діє як довірчий власник;
{Абзац шостий частини першої статті 27 в редакції Закону № 2518-IX від 15.08.2022 }
здійснення управителем управління ФОН та інших дій, передбачених Правилами ФОН, отримання доходу на умовах Правил ФОН;
розподіл управителем доходу від управління ФОН між власниками сертифікатів ФОН;
викуп сертифікатів ФОН у власників після закінчення строку обігу сертифікатів ФОН.
При функціонуванні системи ФОН-ФФБ договір із забудовником не укладається; при здійсненні операцій з нерухомістю управитель системи ФОН-ФФБ інвестує залучені до ФОН кошти виключно у будівництво об’єктів інвестування шляхом участі у ФФБ, управителем якого він є.