Безпосереднє керівництво Державною спеціальною службою транспорту в мирний час та в особливий період здійснює орган управління Державною спеціальною службою транспорту в системі Міністерства оборони України.
{Частина перша статті 11 із змінами, внесеними згідно із Законами № 1414-VI від 02.06.2009 , № 5502-VI від 20.11.2012 ; в редакції Закону № 2225-VIII від 05.12.2017 }
Керівник органу управління Державною спеціальною службою транспорту користується щодо підлеглих військовослужбовців дисциплінарною владою командувача виду Збройних Сил України в обсязі, визначеному Дисциплінарним статутом Збройних Сил України.
{Частина друга статті 11 із змінами, внесеними згідно із Законом № 5502-VI від 20.11.2012 ; в редакції Закону № 2225-VIII від 05.12.2017 }
Керівник органу управління Державною спеціальною службою транспорту та його заступники призначаються на посаду та звільняються з посади Президентом України за поданням Міністра оборони України.
{Частина статті 11 в редакції Закону № 2225-VIII від 05.12.2017 }
Функції і повноваження органу управління та його керівника визначаються Положенням про Державну спеціальну службу транспорту.