Безпосереднє керівництво Державною спеціальною службою транспорту в мирний час та в особливий період здійснює орган управління Державною спеціальною службою транспорту в складі центрального органу виконавчої влади в галузі транспорту. Керівник органу управління Державною спеціальною службою транспорту користується щодо підлеглих військовослужбовців дисциплінарною владою командувача виду Збройних Сил України у визначеному Дисциплінарним статутом Збройних Сил України ( 551-14 ) обсязі. { Частина перша статті 11 із змінами, внесеними згідно із Законом N 1414-VI ( 1414-17 ) від 02.06.2009 }
Керівник органу управління Державною спеціальною службою транспорту призначається Президентом України за поданням Міністра транспорту України, погодженим з Прем'єр-міністром України.
Функції і повноваження органу управління та його керівника визначаються Положенням про Державну спеціальну службу транспорту.
ПОВНОВАЖЕННЯ ОСОБОВОГО СКЛАДУ ДЕРЖАВНОЇ СПЕЦІАЛЬНОЇ СЛУЖБИ ТРАНСПОРТУ