Безпосереднє керівництво Державною спеціальною службою транспорту в мирний час та в особливий період здійснює орган управління Державною спеціальною службою транспорту в складі Міністерства транспорту України.
Керівник органу управління Державною спеціальною службою транспорту призначається Президентом України за поданням Міністра транспорту України, погодженим з Прем'єр-міністром України.
Функції і повноваження органу управління та його керівника визначаються Положенням про Державну спеціальну службу транспорту.
ПОВНОВАЖЕННЯ ОСОБОВОГО СКЛАДУ ДЕРЖАВНОЇ СПЕЦІАЛЬНОЇ СЛУЖБИ ТРАНСПОРТУ