Безпосереднє керівництво Державною спеціальною службою транспорту здійснює керівник головного органу військового управління Державної спеціальної служби транспорту, який підпорядковується Міністру оборони України.
Безпосереднє керівництво Державною спеціальною службою транспорту - це діяльність, що спрямована на здійснення заходів щодо розвитку Державної спеціальної служби транспорту, її технічного оснащення, підготовки та всебічного забезпечення, визначення основ її застосування, а також управління нею під час виконання завдань.
Керівник головного органу військового управління Державної спеціальної служби транспорту має першого заступника та заступників, які належать до вищого командування Державної спеціальної служби транспорту.
Керівник головного органу військового управління Державної спеціальної служби транспорту, перший заступник та заступники керівника головного органу військового управління Державної спеціальної служби транспорту призначаються на посаду та звільняються з посади Президентом України за поданням Міністра оборони України.
Завдання і функції головного органу військового управління Державної спеціальної служби транспорту визначаються положенням, що затверджується Президентом України.