До компетенції органів державної ветеринарної медицини належить:
контроль та організація заходів щодо профілактики, діагностики, лікування та ліквідації інфекційних, інвазійних і незаразних хвороб тварин;
оцінка епізоотичної ситуації і дача обов'язкових до виконання розпоряджень щодо здійснення профілактики та ліквідації заразних хвороб, а також з питань дератизації, дезинфекції, інших заходів;
контроль за виробництвом доброякісних у ветеринарному і санітарному відношенні продуктів і сировини тваринного походження;
здійснення на ринках ветеринарно-санітарної експертизи тваринницької і рослинницької продукції;
захист населення спільно з органами охорони здоров'я від хвороб, спільних для людей і тварин, та здійснення взаємного обміну інформацією;
контроль за охороною території України від занесення з території інших країн інфекційних хвороб тварин, а також проведення перевірки ветеринарного стану при експорті-імпорті тварин, сировини, продуктів тваринного походження, кормів;
оцінка ветеринарно-санітарного стану м'ясо-, молочнопереробних підприємств, боєнь, цехів, тваринницьких ферм, ярмарків, ринків, складських приміщень для зберігання сировини і продуктів тваринного походження, кормів і засобів їх транспортування;
аналіз причин захворюваності незаразними хворобами і падежу тварин та птиці, розробка рекомендацій їх профілактики;
виключне право на проведення ветеринарно-санітарної експертизи м'яса і продуктів забою на м'ясокомбінатах, бойнях, в цехах та на інших переробних підприємствах і ринках та передзабійного огляду тварин;
проведення ветеринарно-санітарного і екологічного контролю продуктів харчування тваринного і рослинного походження;
контроль і координація діяльності відомчої служби ветеринарної медицини і спеціалістів у галузі ветеринарної медицини;
видача висновків органам страхування на тварин, вимушено забитих або загиблих;
експертиза проектів планування та будівництва тваринницьких ферм, будівель, підприємств по забою і переробці тварин і сировини тваринного походження; проектів відведення земельних ділянок для усіх видів зазначеного будівництва і забору води для тварин;
участь в роботі робочих, державних комісій по прийняттю в експлуатацію збудованих тваринницьких об'єктів і підприємств по забою, переробці тварин і сировини тваринного походження;
заборона експлуатації або тимчасове припинення функціонування тваринницьких об'єктів і підприємств по забою та переробці тварин і сировини тваринного походження у разі порушення ветеринарних норм і правил;
проведення лабораторно-клінічних (вірусологічні, бактеріологічні, хіміко-токсикологічні, патологоанатомічні, гістологічні, паразитологічні, радіологічні та інші) досліджень з метою діагностики хвороб тварин, оцінки продуктів та сировини тваринного походження, кормів і води.
До виключної компетенції Головного управління ветеринарної медицини належить:
видача висновків на нові ветеринарні препарати, прилади, інструменти, кормові добавки та затвердження нормативно-технічних документів на них;
здійснення контролю за виробництвом, використанням біологічних, хімічних, фармацевтичних кормових добавок та інших препаратів вітчизняного виробництва та тих, що надходять по імпорту, призначених для цілей ветеринарної медицини, оцінка їх впливу на здоров'я тварин і якість продукції тваринного походження, розробка та затвердження нормативних актів щодо їх виробництва та застосування.