Управління ветеринарною медициною здійснює Головне управління ветеринарної медицини з державною ветеринарною інспекцією Міністерства сільського господарства і продовольства України, яке підпорядковується безпосередньо Міністру сільського господарства і продовольства України. Головне управління очолює начальник - Головний державний інспектор ветеринарної медицини України, який призначається на посаду Кабінетом Міністрів України. Положення про Головне управління затверджується Урядом України.
Система державної ветеринарної медицини включає:
Головний державний інспектор ветеринарної медицини України з питань державного ветеринарного контролю підпорядковується безпосередньо Кабінету Міністрів України.
Державний департамент ветеринарної медицини Міністерства сільського господарства і продовольства України з підпорядкованими йому управлінням державної ветеринарної медицини Автономної Республіки Крим; обласними, Київським та Севастопольським міськими управліннями державної ветеринарної медицини; Центральною державною лабораторією ветеринарної медицини; зональними спеціалізованими державними лабораторіями ветеринарної медицини по хворобах тварин; міжобласними спеціалізованими державними лабораторіями ветеринарної медицини по хворобах птиці; корпорацією "Укрветзоопромпостач"; державним підприємством по ветеринарному і зоотехнічному забезпеченню тваринництва "Укрветпромпостач"; асоціацією "Украгробіовет"; підприємствами по виробництву засобів захисту тварин та засобів ветеринарної медицини; Державним науково-дослідним контрольним інститутом ветеринарних препаратів і кормових добавок, іншими науково-дослідними установами; регіональними службами державного ветеринарного контролю на державному кордоні та транспорті; підрозділами ветеринарної міліції із забезпечення карантинних ветеринарних заходів тощо;
Органи і установи державної ветеринарної медицини здійснюють інспекторський нагляд на обслуговуваній території, незалежно від відомчої підпорядкованості, відповідно до положення про державний ветеринарний нагляд.
управління державної ветеринарної медицини Автономної Республіки Крим, обласні, Київське та Севастопольське міські управління державної ветеринарної медицини з підпорядкованими їм відповідно республіканським, обласними та міськими державними закладами ветеринарної медицини, обласними госпрозрахунковими ветеринарно-санітарними загонами, районними та міськими управліннями державної ветеринарної медицини, обласними державними лабораторіями ветеринарної медицини, обласними державними підприємствами "Ветзоопромпостач", підрозділами відомчої ветеринарної міліції із забезпечення карантинних ветеринарних заходів;
Керівництво ветеринарною медициною Республіки Крим здійснює Кримське республіканське управління державної ветеринарної медицини. Кримське республіканське управління очолює начальник, який призначається на посаду Головним управлінням ветеринарної медицини з державною ветеринарною інспекцією Міністерства сільського господарства і продовольства України.
районні управління державної ветеринарної медицини з підпорядкованими їм районними державними підприємствами (лікарнями), дільничними лікарнями, дільницями, пунктами ветеринарної медицини, районними державними лабораторіями ветеринарної медицини та державними лабораторіями ветеринарно-санітарної експертизи на ринках;
Керівництво ветеринарною медициною в областях, містах Києві та Севастополі здійснюють відповідно обласні, Київське та Севастопольське міські управління державної ветеринарної медицини. Обласне, Київське та Севастопольське міське управління очолює начальник, який призначається на посаду Головним управлінням ветеринарної медицини з державною ветеринарною інспекцією Міністерства сільського господарства і продовольства України за погодженням з органами місцевої державної адміністрації.
міські управління державної ветеринарної медицини з підпорядкованими їм міськими державними підприємствами (лікарнями), дільничними лікарнями, дільницями державної ветеринарної медицини, державними лабораторіями ветеринарної медицини, державними лабораторіями ветеринарно-санітарної експертизи на ринках;
Керівництво ветеринарною медициною в районах, містах, районах в місті здійснюють відповідно районні, міські, районні в місті підприємства (лікарні) ветеринарної медицини. Вказані підприємства (лікарні) очолюються начальниками, які є одночасно головними лікарями ветеринарної медицини районів, міст, районів у місті і призначаються на посаду начальником Кримського республіканського, обласного, Київського та Севастопольського міського управління державної ветеринарної медицини за погодженням з органами місцевої державної адміністрації.
регіональні служби державного ветеринарного контролю на державному кордоні та транспорті з підпорядкованими їм прикордонними та транспортними пунктами державного ветеринарного контролю.
Служби державної ветеринарної медицини на залізницях, транспортних і прикордонних контрольних пунктах ветеринарної медицини очолюють начальники, які призначаються на посаду Головним управлінням ветеринарної медицини з державною ветеринарною інспекцією Міністерства сільського господарства і продовольства України.
Організаційна структура і штатна чисельність підприємств, установ та організацій державної ветеринарної медицини визначаються відповідно Державним департаментом ветеринарної медицини, управлінням державної ветеринарної медицини Автономної Республіки Крим, обласними, Київським та Севастопольським міськими управліннями державної ветеринарної медицини, а міністерств та інших центральних органів виконавчої влади - начальником служби ветеринарної медицини відповідного міністерства або іншого центрального органу виконавчої влади за погодженням з Державним департаментом ветеринарної медицини.
Керівники органів державної ветеринарної медицини України, Республіки Крим, областей, районів, районів у містах, міст, залізниць, транспортних і прикордонних пунктів одночасно є головними державними інспекторами ветеринарної медицини відповідно України, Республіки Крим, області, району, міста, району в місті, залізниці, транспортного, прикордонного пункту. Заступники керівників органів державної ветеринарної медицини за посадою є заступниками відповідних головних державних інспекторів ветеринарної медицини.
Реорганізація, створення нових закладів, підприємств, установ, організацій, управлінь державної ветеринарної медицини проводяться в межах коштів, виділених на утримання системи державної ветеринарної медицини.
Управління державної ветеринарної медицини Автономної Республіки Крим, в областях, містах і районах організаційно входять до складу Уряду Автономної Республіки Крим, відповідних державних адміністрацій, підпорядковуються вищестоящим органам державної ветеринарної медицини у питаннях, що належать до їх компетенції, як місцеві органи Державного департаменту ветеринарної медицини.