Система державної ветеринарної медицини включає:
Державний департамент ветеринарної медицини Міністерства сільського господарства і продовольства України з підпорядкованими йому управлінням державної ветеринарної медицини Автономної Республіки Крим; обласними, Київським та Севастопольським міськими управліннями державної ветеринарної медицини; Центральною державною лабораторією ветеринарної медицини; зональними спеціалізованими державними лабораторіями ветеринарної медицини по хворобах тварин; міжобласними спеціалізованими державними лабораторіями ветеринарної медицини по хворобах птиці; корпорацією "Укрветзоопромпостач"; державним підприємством по ветеринарному і зоотехнічному забезпеченню тваринництва "Укрветпромпостач"; асоціацією "Украгробіовет"; підприємствами по виробництву засобів захисту тварин та засобів ветеринарної медицини; Державним науково-дослідним контрольним інститутом ветеринарних препаратів і кормових добавок, іншими науково-дослідними установами; регіональними службами державного ветеринарного контролю на державному кордоні та транспорті; підрозділами ветеринарної міліції із забезпечення карантинних ветеринарних заходів тощо;
управління державної ветеринарної медицини Автономної Республіки Крим, обласні, Київське та Севастопольське міські управління державної ветеринарної медицини з підпорядкованими їм відповідно республіканським, обласними та міськими державними закладами ветеринарної медицини, обласними госпрозрахунковими ветеринарно-санітарними загонами, районними та міськими управліннями державної ветеринарної медицини, обласними державними лабораторіями ветеринарної медицини, обласними державними підприємствами "Ветзоопромпостач", підрозділами відомчої ветеринарної міліції із забезпечення карантинних ветеринарних заходів;
районні управління державної ветеринарної медицини з підпорядкованими їм районними державними підприємствами (лікарнями), дільничними лікарнями, дільницями, пунктами ветеринарної медицини, районними державними лабораторіями ветеринарної медицини та державними лабораторіями ветеринарно-санітарної експертизи на ринках;
міські управління державної ветеринарної медицини з підпорядкованими їм міськими державними підприємствами (лікарнями), дільничними лікарнями, дільницями державної ветеринарної медицини, державними лабораторіями ветеринарної медицини, державними лабораторіями ветеринарно-санітарної експертизи на ринках;
регіональні служби державного ветеринарного контролю на державному кордоні та транспорті з підпорядкованими їм прикордонними та транспортними пунктами державного ветеринарного контролю.
Організаційна структура і штатна чисельність підприємств, установ та організацій державної ветеринарної медицини визначаються відповідно Державним департаментом ветеринарної медицини, управлінням державної ветеринарної медицини Автономної Республіки Крим, обласними, Київським та Севастопольським міськими управліннями державної ветеринарної медицини, а міністерств та інших центральних органів виконавчої влади - начальником служби ветеринарної медицини відповідного міністерства або іншого центрального органу виконавчої влади за погодженням з Державним департаментом ветеринарної медицини.
Реорганізація, створення нових закладів, підприємств, установ, організацій, управлінь державної ветеринарної медицини проводяться в межах коштів, виділених на утримання системи державної ветеринарної медицини.
Управління державної ветеринарної медицини Автономної Республіки Крим, в областях, містах і районах організаційно входять до складу Уряду Автономної Республіки Крим, відповідних державних адміністрацій, підпорядковуються вищестоящим органам державної ветеринарної медицини у питаннях, що належать до їх компетенції, як місцеві органи Державного департаменту ветеринарної медицини.