Управління ветеринарною медициною здійснює Головне управління ветеринарної медицини з державною ветеринарною інспекцією Міністерства сільського господарства і продовольства України, яке підпорядковується безпосередньо Міністру сільського господарства і продовольства України. Головне управління очолює начальник - Головний державний інспектор ветеринарної медицини України, який призначається на посаду Кабінетом Міністрів України. Положення про Головне управління затверджується Урядом України.
Головний державний інспектор ветеринарної медицини України з питань державного ветеринарного контролю підпорядковується безпосередньо Кабінету Міністрів України.
Органи і установи державної ветеринарної медицини здійснюють інспекторський нагляд на обслуговуваній території, незалежно від відомчої підпорядкованості, відповідно до положення про державний ветеринарний нагляд.
Керівництво ветеринарною медициною Республіки Крим здійснює Кримське республіканське управління державної ветеринарної медицини. Кримське республіканське управління очолює начальник, який призначається на посаду Головним управлінням ветеринарної медицини з державною ветеринарною інспекцією Міністерства сільського господарства і продовольства України.
Керівництво ветеринарною медициною в областях, містах Києві та Севастополі здійснюють відповідно обласні, Київське та Севастопольське міські управління державної ветеринарної медицини. Обласне, Київське та Севастопольське міське управління очолює начальник, який призначається на посаду Головним управлінням ветеринарної медицини з державною ветеринарною інспекцією Міністерства сільського господарства і продовольства України за погодженням з органами місцевої державної адміністрації.
Керівництво ветеринарною медициною в районах, містах, районах в місті здійснюють відповідно районні, міські, районні в місті підприємства (лікарні) ветеринарної медицини. Вказані підприємства (лікарні) очолюються начальниками, які є одночасно головними лікарями ветеринарної медицини районів, міст, районів у місті і призначаються на посаду начальником Кримського республіканського, обласного, Київського та Севастопольського міського управління державної ветеринарної медицини за погодженням з органами місцевої державної адміністрації.
Служби державної ветеринарної медицини на залізницях, транспортних і прикордонних контрольних пунктах ветеринарної медицини очолюють начальники, які призначаються на посаду Головним управлінням ветеринарної медицини з державною ветеринарною інспекцією Міністерства сільського господарства і продовольства України.
Керівники органів державної ветеринарної медицини України, Республіки Крим, областей, районів, районів у містах, міст, залізниць, транспортних і прикордонних пунктів одночасно є головними державними інспекторами ветеринарної медицини відповідно України, Республіки Крим, області, району, міста, району в місті, залізниці, транспортного, прикордонного пункту. Заступники керівників органів державної ветеринарної медицини за посадою є заступниками відповідних головних державних інспекторів ветеринарної медицини.