Голова Національного агентства:
Секретаріат Національного агентства очолює керівник.
забезпечує складення плану роботи Національного агентства;
Керівник секретаріату Національного агентства призначається на посаду Головою Національного агентства на підставі рішення Національного агентства строком на п’ять років з правом повторного призначення.
головує на засіданнях Національного агентства;
Одна і та сама особа не може бути керівником Національного агентства більше ніж два строки.
підписує акти, прийняті Національним агентством, та протоколи засідань Національного агентства;
Національне агентство двома третинами голосів затвердженого складу може прийняти рішення про дострокове звільнення керівника секретаріату Національного агентства відповідно до законодавства про працю.
організовує виконання рішень Національного агентства та інформує членів Національного агентства про хід їх виконання;
Керівник секретаріату Національного агентства підзвітний і підконтрольний Національному агентству.
організовує підготовку звіту про роботу Національного агентства;
Заступники керівника секретаріату Національного агентства призначаються на посаду та звільняються з посади керівником секретаріату за погодженням з Національним агентством.
забезпечує загальне керівництво секретаріатом Національного агентства;
інформує членів Національного агентства про офіційні документи, листи, що надійшли до Національного агентства, а також робить інші повідомлення, які стосуються діяльності Національного агентства;
за вмотивованою вимогою не менш як однієї третини складу Національного агентства скликає засідання Національного агентства;
діє без довіреності від імені Національного агентства в межах повноважень, передбачених законодавством та цим Статутом;
скликає і проводить засідання Національного агентства, вносить питання для розгляду на його засіданнях, формує проект порядку денного засідання Національного агентства та не пізніше ніж за один день до проведення засідання інформує усіх членів Національного агентства;
представляє Національне агентство у відносинах з іншими органами, підприємствами, установами та організаціями в Україні та за її межами, зокрема з державними органами іноземних держав з питань забезпечення якості вищої освіти та міжнародними організаціями;
вносить на засідання Національного агентства пропозиції щодо розподілу обов’язків між своїми заступниками;
виконує інші функції із забезпечення організації діяльності Національного агентства.