У складі секретаріату Національного агентства можуть утворюватися структурні підрозділи відповідно до затверджених Національним агентством структури і штатного розпису.
Голова Національного агентства:
Положення про структурні підрозділи секретаріату та посадові інструкції їх працівників затверджуються керівником секретаріату Національного агентства за погодженням із Головою Національного агентства.
забезпечує складення плану роботи Національного агентства;
головує на засіданнях Національного агентства;
підписує акти, прийняті Національним агентством, та протоколи засідань Національного агентства;
організовує виконання рішень Національного агентства та інформує членів Національного агентства про хід їх виконання;
організовує підготовку звіту про роботу Національного агентства;
забезпечує загальне керівництво секретаріатом Національного агентства;
інформує членів Національного агентства про офіційні документи, листи, що надійшли до Національного агентства, а також робить інші повідомлення, які стосуються діяльності Національного агентства;
за вмотивованою вимогою не менш як однієї третини складу Національного агентства скликає засідання Національного агентства;
діє без довіреності від імені Національного агентства в межах повноважень, передбачених законодавством та цим Статутом;
скликає і проводить засідання Національного агентства, вносить питання для розгляду на його засіданнях, формує проект порядку денного засідання Національного агентства та не пізніше ніж за один день до проведення засідання інформує усіх членів Національного агентства;
представляє Національне агентство у відносинах з іншими органами, підприємствами, установами та організаціями в Україні та за її межами, зокрема з державними органами іноземних держав з питань забезпечення якості вищої освіти та міжнародними організаціями;
вносить на засідання Національного агентства пропозиції щодо розподілу обов’язків між своїми заступниками;
виконує інші функції із забезпечення організації діяльності Національного агентства.