Національне агентство взаємодіє з Кабінетом Міністрів України, МОН, іншими центральними та місцевими органами виконавчої влади, Національною академією наук та національними галузевими академіями наук, органами місцевого самоврядування, громадськими об’єднаннями, підприємствами, установами та організаціями, науковими установами і закладами вищої освіти зарубіжних країн, а також з міжнародними організаціями в галузі вищої освіти.