Національне агентство взаємодіє із Кабінетом Міністрів України, МОН, іншими центральними та місцевими органами виконавчої влади, Національною академією наук і національними галузевими академіями наук, органами місцевого самоврядування, громадськими об’єднаннями, іншими юридичними особами, науковими установами та закладами вищої освіти зарубіжних країн, а також із міжнародними організаціями в галузі вищої освіти.