Національне агентство під час реалізації державної політики у сфері забезпечення якості вищої освіти взаємодіє з Кабінетом Міністрів України, МОН, іншими центральними та місцевими органами виконавчої влади, Національною академією наук та національними галузевими академіями наук, органами місцевого самоврядування, громадськими об’єднаннями, підприємствами, установами та організаціями, з науковими установами і вищими навчальними закладами зарубіжних країн, а також з міжнародними організаціями в галузі вищої освіти.