Національне агентство з метою організації своєї діяльності:
забезпечує здійснення заходів щодо запобігання корупції в Національному агентстві та контроль за їх здійсненням відповідно до законодавства;
забезпечує в межах повноважень, передбачених законом, реалізацію державної політики стосовно державної таємниці, здійснює контроль за її збереженням;
здійснює заходи щодо налагодження діалогу з громадськістю та створення умов для участі громадян у процесі реалізації державної політики у сфері забезпечення якості вищої освіти;
висвітлює на своєму офіційному веб-сайті питання розвитку та функціонування системи забезпечення якості вищої освіти;
оприлюднює на своєму офіційному веб-сайті нормативні документи, що стосуються його діяльності, а також інформацію про структуру і склад Національного агентства, керівництво секретаріату, результати своєї діяльності (у тому числі рішення та протоколи засідань), кошторис і фінансовий звіт про надходження та використання всіх отриманих коштів, іншу інформацію, передбачену законодавством.