Національне агентство з метою організації своєї діяльності:
забезпечує в межах повноважень, передбачених законом, здійснення заходів щодо запобігання корупції, контроль за їх здійсненням у секретаріаті Національного агентства;
забезпечує в межах повноважень, передбачених законом, реалізацію державної політики стосовно державної таємниці, здійснює контроль за її збереженням;
забезпечує оприлюднення інформації про свою діяльність, здійснює заходи щодо налагодження діалогу з громадськістю та створення умов для участі громадян у процесі реалізації державної політики у сфері забезпечення якості вищої освіти;
висвітлює на своєму офіційному веб-сайті питання розвитку та функціонування системи забезпечення якості вищої освіти.