Національне агентство з метою організації своєї діяльності:
1) забезпечує здійснення заходів щодо запобігання корупції в Національному агентстві та контроль за їх здійсненням відповідно до законодавства;
2) забезпечує в межах повноважень, передбачених законом, реалізацію державної політики стосовно державної таємниці, здійснює контроль за її збереженням;
3) здійснює заходи щодо налагодження діалогу із громадськістю з питань щодо забезпечення якості вищої освіти та створення умов для участі громадян у реалізації її забезпечення;
4) висвітлює на своєму офіційному веб-сайті питання щодо розвитку та функціонування системи забезпечення якості вищої освіти;
5) оприлюднює на своєму офіційному веб-сайті нормативні документи, що стосуються його діяльності, а також інформацію про структуру і склад Національного агентства, керівництво секретаріату, результати своєї діяльності (зокрема рішення та протоколи засідань), кошторис і фінансовий звіт про надходження та використання всіх отриманих коштів, іншу інформацію, передбачену законодавством.