Центральним органом управління Прикордонних військ України є Державний комітет у справах охорони державного кордону України, який підпорядковується Кабінету Міністрів України. Голова Державного комітету є командуючим Прикордонними військами України. Він призначається і звільняється з посади Президентом України. Організаційна структура, штатна чисельність Прикордонних військ України визначаються в порядку, встановленому Кабінетом Міністрів України. Фінансове, військове та матеріально-технічне забезпечення діяльності Прикордонних військ України покладається на Кабінет Міністрів України.
Центральним органом управління Прикордонних військ України є Державний комітет у справах охорони державного кордону України, який є центральним органом виконавчої влади. Положення про Державний комітет у справах охорони державного кордону України затверджується Президентом України.
Голова Державного комітету у справах охорони державного кордону України є Командувачем Прикордонних військ України. Він призначається на посаду та звільняється з посади відповідно до Конституції України ( 254к/96-ВР ) Президентом України.
Регіональними органами управління Прикордонних військ України є напрями Прикордонних військ України, які очолюються командувачами військ напрямів.
Органами охорони державного кордону є з'єднання та частини Прикордонних військ України, які виконують поставлені перед Прикордонними військами України завдання щодо захисту державного кордону України та охорони її суверенних прав у виключній (морській) економічній зоні.
Органами забезпечення Прикордонних військ України є відповідні з'єднання, частини, установи, підприємства та навчальні заклади, через які безпосередньо здійснюються матеріально-технічне, медичне, кадрове та інші види забезпечень діяльності Прикордонних військ України.
( Стаття 2 в редакції Закону N 1134-XIV ( 1134-14 ) від 08.10.99 )