Центральний орган управління Прикордонних військ України - Державний комітет у справах охорони державного кордону України є центральним органом виконавчої влади. Положення про Державний комітет у справах охорони державного кордону України затверджується Президентом України. До складу Державного комітету у справах охорони державного кордону України входить розвідувальний орган, який відповідно до закону України здійснює розвідувальну діяльність для забезпечення інтересів держави у сферах прикордонної та імміграційної політики, а також в інших сферах, що стосуються питань захисту державного кордону та суверенних прав України у її виключній (морській) економічній зоні та на континентальному шельфі. ( Частина перша статті 2 в редакції Закону N 3111-III ( 3111-14 ) від 07.03.2002 )
Голова Державного комітету у справах охорони державного кордону України є Командувачем Прикордонних військ України. Він призначається на посаду та звільняється з посади відповідно до Конституції України ( 254к/96-ВР ) Президентом України.
Регіональними органами управління Прикордонних військ України є напрями Прикордонних військ України, які очолюються командувачами військ напрямів.
Органами охорони державного кордону є з'єднання та частини Прикордонних військ України, які виконують поставлені перед Прикордонними військами України завдання щодо захисту державного кордону України та охорони її суверенних прав у виключній (морській) економічній зоні.
Органами забезпечення Прикордонних військ України є відповідні з'єднання, частини, установи, підприємства та навчальні заклади, через які безпосередньо здійснюються матеріально-технічне, медичне, кадрове та інші види забезпечень діяльності Прикордонних військ України.
( Стаття 2 в редакції Закону N 1134-XIV ( 1134-14 ) від 08.10.99 )