Центральним органом управління Прикордонних військ України є Державний комітет у справах охорони державного кордону України, який підпорядковується Кабінету Міністрів України. Голова Державного комітету є командуючим Прикордонними військами України. Він призначається і звільняється з посади Президентом України. Організаційна структура, штатна чисельність Прикордонних військ України визначаються в порядку, встановленому Кабінетом Міністрів України. Фінансове, військове та матеріально-технічне забезпечення діяльності Прикордонних військ України покладається на Кабінет Міністрів України.