Державна спеціальна служба транспорту має таку загальну структуру:
орган управління Державною спеціальною службою транспорту в системі центрального органу виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну політику у сфері транспорту, дорожнього господарства, туризму та інфраструктури; { Абзац другий частини першої статті 4 із змінами, внесеними згідно із Законом N 5502-VI ( 5502-17 ) від 20.11.2012 }
об'єднані загони, загони, окремі загони;
підрозділи охорони;
органи забезпечення;
навчальний центр;
заклади, підприємства та установи.
Загальна чисельність Державної спеціальної служби транспорту визначається обсягами виконуваних робіт та підготовки резерву навчених людських ресурсів на особливий період і затверджується Кабінетом Міністрів України за поданням центрального органу виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну політику у сфері транспорту, дорожнього господарства, туризму та інфраструктури, погодженим з Генеральним штабом Збройних Сил України.
Місця розташування на території України всіх структурних підрозділів Державної спеціальної служби транспорту визначаються Кабінетом Міністрів України за поданням центрального органу виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну політику у сфері транспорту, дорожнього господарства, туризму та інфраструктури, погодженим з Генеральним штабом Збройних Сил України та відповідними органами місцевого самоврядування.
Гранична чисельність особового складу органу управління Державною спеціальною службою транспорту затверджується Кабінетом Міністрів України за поданням центрального органу виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну політику у сфері транспорту, дорожнього господарства, туризму та інфраструктури, погодженим з Генеральним штабом Збройних Сил України.
Орган управління Державною спеціальною службою транспорту, об'єднані загони, загони, окремі загони, підрозділи охорони, органи забезпечення, навчальний центр, заклади, підприємства та установи, що входять до складу Державної спеціальної служби транспорту, є юридичними особами, мають печатку із зображенням Державного Герба України та своїм найменуванням, інші печатки і штампи, рахунки в банках, у тому числі в іноземній валюті.