Державна спеціальна служба транспорту має таку загальну структуру:
головний орган військового управління;
регіональні органи військового управління;
військові частини;
навчальні військові частини;
військові навчальні підрозділи закладів вищої освіти;
підприємства, установи та організації.
Організаційно Державна спеціальна служба транспорту складається з органів військового управління, військових частин, навчальних військових частин, військових навчальних підрозділів закладів вищої освіти, підприємств, установ та організацій.
Положення про головний орган військового управління Державної спеціальної служби транспорту затверджується Президентом України. Положення про органи військового управління, військові частини, навчальні військові частини, військові навчальні підрозділи закладів вищої освіти, підприємства, установи та організації Державної спеціальної служби транспорту затверджуються керівником головного органу військового управління Державної спеціальної служби транспорту.
Загальна чисельність Державної спеціальної служби транспорту становить 5000 осіб, у тому числі 4600 військовослужбовців. У разі необхідності чисельність Державної спеціальної служби транспорту може бути збільшена відповідним законом.
В особливий період чисельність Державної спеціальної служби транспорту збільшується на кількість особового складу, призваного на військову службу на виконання указів Президента України про мобілізацію, затверджених законами України.
Місця розташування на території України всіх структурних підрозділів Державної спеціальної служби транспорту визначаються Президентом України за поданням Міністерства оборони України, погодженим з Генеральним штабом Збройних Сил України та відповідними органами місцевого самоврядування.
Гранична чисельність особового складу головного органу військового управління Державної спеціальної служби транспорту затверджується Президентом України за поданням Міністерства оборони України, погодженим з Генеральним штабом Збройних Сил України.
Головний орган військового управління, регіональні органи військового управління, військові частини, навчальні військові частини, військові навчальні підрозділи закладів вищої освіти, підприємства, установи та організації Державної спеціальної служби транспорту є юридичними особами, мають печатку із зображенням Державного Герба України та своїм найменуванням, інші печатки і штампи, рахунки в банках, у тому числі в іноземній валюті.
Створення, реорганізація і ліквідація регіональних органів військового управління, військових частин, навчальних військових частин, підприємств, установ та організацій Державної спеціальної служби транспорту в межах загальної чисельності та виділених коштів Державного бюджету України здійснюються за рішенням Міністра оборони України.