Основними функціями Державної спеціальної служби транспорту є:
у мирний час:
організація і виконання завдань з технічного прикриття та будівництва об’єктів єдиної транспортної системи України в інтересах оборони держави;
організація, планування і проведення робіт з технічного прикриття та відбудови об'єктів національної транспортної системи України;
проведення робіт з будівництва нових та підвищення строків експлуатації і пропускної спроможності діючих об’єктів єдиної транспортної системи України;
{Абзац третій статті 2 із змінами, внесеними згідно із Законом № 3428-IV від 09.02.2006 }
організація і виконання робіт з будівництва, реконструкції та капітального ремонту об’єктів нерухомості та інфраструктури у сфері управління Міністерства оборони України;
проведення планових робіт з будівництва нових та підвищення строків експлуатації і пропускної спроможності діючих об'єктів національної транспортної системи України;
організація і виконання робіт з будівництва та утримання військових інженерно-технічних та фортифікаційних споруд;
участь у ліквідації наслідків аварій, катастроф, пожеж, стихійного лиха на транспортних комунікаціях, об’єктах єдиної транспортної системи України, проведення в разі необхідності аварійно-рятувальних та інших невідкладних робіт у небезпечних районах унаслідок надзвичайних ситуацій техногенного, природного та екологічного характеру;
підтримання у стані постійної готовності потенціалу Державної спеціальної служби транспорту для виконання завдань в особливий період, у тому числі збереження, накопичення і своєчасна заміна спеціальної техніки та інших матеріальних ресурсів у непорушному запасі та мобілізаційному резерві, створення резерву навчених людських ресурсів на особливий період та з метою виконання робіт з ліквідації аварій і катастроф, під час надзвичайних ситуацій техногенного та природного характеру, а також вирішення інших завдань у сфері оборони, пов'язаних з використанням об'єктів національної транспортної системи України;
проведення пошуку, ідентифікації, вилучення, знешкодження, підйому, транспортування та знешкодження (знищення) вибухонебезпечних предметів на місцевості (у водних акваторіях) та об’єктах єдиної транспортної системи України;
проведення розмінування вибухонебезпечних предметів на об'єктах національної транспортної системи України із залученням у разі необхідності підрозділів Збройних Сил України і центральних органів виконавчої влади, що забезпечують формування та реалізують державну політику у сфері цивільного захисту;
визначення районів на місцевості (у водних акваторіях) та об’єктів, що потребують проведення гуманітарного розмінування, маркування небезпечних ділянок, проведення очищення (розмінування) територій;
{Абзац сьомий статті 2 із змінами, внесеними згідно із Законом № 5459-VI від 16.10.2012 }
в особливий період:
забезпечення постійної готовності підрозділів Державної спеціальної служби транспорту до виконання покладених на них завдань;
технічне прикриття, відновлення встановлення та встановлення утримання загороджень на найважливіших об'єктах національної об’єктах єдиної транспортної системи України;
{Абзац десятий статті 2 із змінами, внесеними згідно із Законом № 3428-IV від 09.02.2006 }
наведення, будівництво, експлуатація і ремонт (реконструкція) наплавних мостів та естакад;
розмінування вибухонебезпечних предметів на об'єктах національної транспортної системи України із залученням у разі необхідності підрозділів Збройних Сил України та забезпечення експлуатації головних ділянок відновлюваних залізничних напрямків;
забезпечення кібербезпеки інформаційних, електронних комунікаційних та інформаційно-комунікаційних систем Державної спеціальної служби транспорту;
наведення, будівництво, експлуатація і ремонт (реконструкція) наплавних залізничних мостів та естакад;
участь у виконанні заходів територіальної оборони, а також заходів, спрямованих на додержання правового режиму воєнного та надзвичайного стану.
підвищення пропускної спроможності діючих та будівництво нових доріг, залізничних колій, обходів, вузлів, тунелів та мостів;
{Стаття 2 із змінами, внесеними згідно із Законами № 3428-IV від 09.02.2006 , № 5459-VI від 16.10.2012 ; в редакції Закону № 4631-IX від 09.10.2025 }
виконання заходів територіальної оборони, а також заходів, спрямованих на додержання правового режиму воєнного та надзвичайного стану.