Основними функціями Державної спеціальної служби транспорту є:
організація і виконання завдань з технічного прикриття та будівництва об’єктів єдиної транспортної системи України в інтересах оборони держави;
проведення робіт з будівництва нових та підвищення строків експлуатації і пропускної спроможності діючих об’єктів єдиної транспортної системи України;
організація і виконання робіт з будівництва, реконструкції та капітального ремонту об’єктів нерухомості та інфраструктури у сфері управління Міністерства оборони України;
організація і виконання робіт з будівництва та утримання військових інженерно-технічних та фортифікаційних споруд;
участь у ліквідації наслідків аварій, катастроф, пожеж, стихійного лиха на об’єктах єдиної транспортної системи України, проведення в разі необхідності невідкладних робіт у небезпечних районах унаслідок надзвичайних ситуацій техногенного, природного та екологічного характеру;
проведення пошуку, ідентифікації, вилучення, знешкодження, підйому, транспортування та знешкодження (знищення) вибухонебезпечних предметів на місцевості (у водних акваторіях) та об’єктах єдиної транспортної системи України;
визначення районів на місцевості (у водних акваторіях) та об’єктів, що потребують проведення гуманітарного розмінування, маркування небезпечних ділянок, проведення очищення (розмінування) територій;
забезпечення постійної готовності підрозділів Державної спеціальної служби транспорту до виконання покладених на них завдань;
встановлення та утримання загороджень на найважливіших об’єктах єдиної транспортної системи України;
наведення, будівництво, експлуатація і ремонт (реконструкція) наплавних мостів та естакад;
забезпечення кібербезпеки інформаційних, електронних комунікаційних та інформаційно-комунікаційних систем Державної спеціальної служби транспорту;
участь у виконанні заходів територіальної оборони, а також заходів, спрямованих на додержання правового режиму воєнного та надзвичайного стану.