Основними функціями Державної спеціальної служби транспорту є:
у мирний час:
організація і проведення робіт з технічного прикриття та відбудови об'єктів національної транспортної системи України;
проведення планових робіт з будівництва нових та підвищення строків експлуатації і пропускної спроможності діючих об'єктів національної транспортної системи України;
участь у ліквідації наслідків аварій, катастроф, пожеж, стихійного лиха на транспортних комунікаціях, проведення в разі необхідності аварійно-рятувальних та інших невідкладних робіт у небезпечних районах унаслідок надзвичайних ситуацій техногенного, природного та екологічного характеру;
підтримання у стані постійної готовності потенціалу Державної спеціальної служби транспорту для виконання завдань в особливий період, у тому числі збереження, накопичення і своєчасна заміна спеціальної техніки та інших матеріальних ресурсів у непорушному запасі та мобілізаційному резерві, створення резерву навчених людських ресурсів на особливий період та з метою виконання робіт з ліквідації аварій і катастроф, під час надзвичайних ситуацій техногенного та природного характеру, а також вирішення інших завдань у сфері оборони, пов'язаних з використанням об'єктів національної транспортної системи України;
проведення розмінування вибухонебезпечних предметів на об'єктах національної транспортної системи України із залученням у разі необхідності підрозділів Збройних Сил України і Міністерства України з питань надзвичайних ситуацій та у справах захисту населення від наслідків Чорнобильської катастрофи;
в особливий період:
забезпечення постійної готовності підрозділів Державної спеціальної служби транспорту до виконання покладених на них завдань;
технічне прикриття, відновлення та встановлення загороджень на найважливіших об'єктах залізниць;
розмінування вибухонебезпечних предметів на об'єктах національної транспортної системи України із залученням у разі необхідності підрозділів Збройних Сил України та забезпечення експлуатації головних ділянок відновлюваних залізничних напрямків;
наведення, будівництво, експлуатація і ремонт (реконструкція) наплавних залізничних мостів та естакад;
підвищення пропускної спроможності діючих та будівництво нових доріг, залізничних колій, обходів, вузлів, тунелів та мостів;
виконання заходів територіальної оборони, а також заходів, спрямованих на додержання правового режиму воєнного та надзвичайного стану.