Спеціальне водокористування здійснюється на підставі дозволу.
Дозвіл на спеціальне водокористування видається:
державними органами охорони навколишнього природного середовища - у разі використання води водних об'єктів загальнодержавного значення;
Верховною Радою Автономної Республіки Крим, обласними, Київською та Севастопольською міськими Радами народних депутатів за погодженням з державними органами охорони навколишнього природного середовища - у разі використання води водних об'єктів місцевого значення.
Видача дозволу на спеціальне водокористування здійснюється за клопотанням водокористувача з обгрунтуванням потреби у воді, погодженим з державними органами водного господарства, - в разі використання поверхневих вод, державними органами геології - в разі використання підземних вод та державними органами охорони здоров'я - в разі використання водних об'єктів, віднесених до категорії лікувальних.
Порядок погодження та видачі дозволів на спеціальне водокористування затверджується Кабінетом Міністрів України ( 321-2002-п ).
У дозволі на спеціальне водокористування визначаються ліміти забору води та скидання забруднюючих речовин. У разі маловоддя ліміт забору води може бути зменшено спеціально уповноваженими державними органами без коригування дозволу на спеціальне водокористування.
Спеціальне водокористування є платним.