До відання Державного комітету України по водному господарству спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань водного господарства в галузі управління і контролю за використанням і охороною вод та відтворенням водних ресурсів належить:
1) державне управління в галузі водного господарства, здійснення єдиної технічної політики, впровадження у водне господарство досягнень науки, техніки, нових технологій і передового досвіду;
2) розробка і встановлення режимів роботи водосховищ комплексного призначення, водогосподарських систем і каналів, затвердження правил їх експлуатації;
3) розробка та участь у реалізації державних, міждержавних і регіональних програм використання і охорони вод та відтворення водних ресурсів;
4) забезпечення потреб населення і галузей економіки у водних ресурсах та здійснення їх міжбасейнового перерозподілу;
5) здійснення радіологічного і гідрохімічного моніторингу водних об'єктів комплексного призначення, водогосподарських систем міжгалузевого та сільськогосподарського водопостачання;
6) проектування, будівництво і експлуатація водогосподарських систем та об'єктів комплексного призначення;
7) здійснення заходів щодо екологічного оздоровлення поверхневих вод та догляду за ними;
8) ведення державного обліку водокористування та державного водного кадастру;
9) погодження дозволів на спеціальне водокористування;
10) здійснення міжнародного співробітництва у галузі використання і охорони вод та відтворення водних ресурсів прикордонних вод;
11) виконання заходів, пов'язаних з попередженням шкідливої дії вод і ліквідацією її наслідків, включаючи протипаводковий захист населених пунктів та земель;
12) здійснення контролю за дотриманням режимів роботи водосховищ та водогосподарських систем;
13) вирішення інших питань у галузі управління і контролю за використанням і охороною вод та відтворенням водних ресурсів.