Державне управління в галузі використання і охорони вод та відтворення водних ресурсів здійснюється за басейновим принципом на основі державних, міждержавних та регіональних програм використання і охорони вод та відтворення водних ресурсів.
Державне управління в галузі використання і охорони вод та відтворення водних ресурсів здійснюють Кабінет Міністрів України, Уряд Автономної Республіки Крим, місцеві Ради народних депутатів та їх виконавчі комітети, спеціально уповноважені органи державної виконавчої влади та інші державні органи відповідно до законодавства України.
Спеціально уповноваженими органами державної виконавчої влади у галузі використання і охорони вод та відтворення водних ресурсів є Міністерство охорони навколишнього природного середовища спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади з питань екології та ядерної безпеки України, Державний комітет України по водному господарству, Державний комітет України по природних ресурсів, спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади з питань водного господарства, спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади з питань геології і використанню та використання надр, їх органи на місцях та інші державні органи відповідно до законодавства.