Спори з питань використання і охорони вод та відтворення водних ресурсів розглядаються державними органами охорони навколишнього природного середовища, водного господарства, геології, місцевими Радами народних депутатів, Радами, судом, арбітражним судом або третейським судом у порядку, встановленому законодавством.
Позивачі - Міністерство охорони навколишнього природного середовища спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади з питань екології та ядерної безпеки України, Державний комітет України по водному господарству природних ресурсів, спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади з питань водного господарства і їх органи на місцях звільняються від сплати державного мита у справах про стягнення коштів на відшкодування збитків, завданих порушеннями водного законодавства.
Спори з питань використання та охорони вод, які виникають з іншими державами, а також між іноземними юридичними особами і громадянами та власником вод, розглядаються відповідно до законодавства України.