Основною структурною одиницею Інституту є відділ.
Інститут може утворювати філіали в інших містах України.
На базі Інституту може бути утворено науково-дослідні центри з найбільш актуальних проблем суспільного розвитку, а за рішенням директора на базі Інституту та його філіалів - дослідницькі та робочі групи.
Самостійним структурним підрозділом Інституту є Центр досліджень проблем Російської Федерації, основними завданнями якого є:
{Пункт 15 доповнено абзацом згідно з Указом Президента № 656/2015 від 24.11.2015 }
дослідження ключових аспектів та проблем внутрішнього розвитку Російської Федерації, її економічних, фінансових, військових, інтелектуальних, інформаційних та політичних ресурсів, аналіз її зовнішньополітичної діяльності і тенденцій у міждержавних відносинах з Україною;
{Пункт 15 доповнено абзацом згідно з Указом Президента № 656/2015 від 24.11.2015 }
аналіз і оцінка проблем і перспектив реалізації національних інтересів та забезпечення національної безпеки України у сферах внутрішньої і зовнішньої політики у контексті взаємовідносин з Російською Федерацією, підготовка для внесення в установленому порядку на розгляд Президентові України, Раді національної безпеки і оборони України відповідних пропозицій;
{Пункт 15 доповнено абзацом згідно з Указом Президента № 656/2015 від 24.11.2015 }
опрацювання питань українсько-російських відносин в рамках супроводження Інститутом проектів щорічних послань Президента України до Верховної Ради України про внутрішнє і зовнішнє становище України.
{Пункт 15 доповнено абзацом згідно з Указом Президента № 656/2015 від 24.11.2015 }
{Пункт 15 - 1 виключено на підставі Указу Президента № 471/2010 від 02.04.2010 }