До компетенції Головного управління державної служби захисту рослин (Головної державної інспекції захисту рослин) Міністерства агропромислового комплексу України належить:
керівництво державними станціями захисту рослин Автономної Республіки Крим, областей і районів, спеціалізованими територіальними лабораторіями;
участь у розробленні загальнодержавних і міждержавних цільових програм захисту рослин;
організація розроблення та здійснення регіональних цільових програм захисту рослин;
впровадження інтегрованої системи захисту рослин;
визначення асортименту та обсягів виробництва засобів захисту рослин вітчизняною промисловістю, координація закупівлі їх за імпортом;
організація та здійснення державного контролю за своєчасним проведенням підприємствами, установами, організаціями усіх форм власності та громадянами заходів щодо захисту рослин, додержанням регламентів зберігання, транспортування та застосування засобів захисту рослин;
погодження асортименту засобів захисту рослин, технічних умов їх виробництва і застосування, плану державних випробувань і реєстрації засобів захисту рослин, переліку пестицидів, дозволених до використання в Україні, асортименту пестицидів, що завозяться в Україну, а також ліцензування діяльності, пов'язаної з їх виробництвом, зберіганням, транспортуванням та реалізацією;
організація впровадження у практику захисту рослин досягнень науки, техніки та екологічно безпечних для людини і довкілля методів та заходів щодо захисту рослин;
забезпечення аналітичних досліджень щодо відповідності вимогам сертифікатів якості засобів захисту рослин, у тому числі пестицидів, які завозяться в Україну, а також додержання регламентів їх застосування;
виконання інших заходів щодо захисту рослин згідно з законодавством.
Головне управління державної служби захисту рослин (Головна державна інспекція захисту рослин) проводить свою діяльність разом з іншими службами Міністерства агропромислового комплексу України, Державною міжвідомчою комісією України у справах випробувань і реєстрації засобів захисту та регуляторів росту рослин і добрив (Укрдержхімкомісія), державною санітарно-епідеміологічною службою України, органами охорони навколишнього природного середовища, місцевими органами виконавчої влади та органами місцевого самоврядування.
Нормативно-правові акти з питань захисту рослин, видані Головним управлінням державної служби захисту рослин (Головною державною інспекцією захисту рослин) у межах його компетенції, є обов'язковими для виконання юридичними та фізичними особами.