Фінансування органів, установ і закладів державної санітарно-епідеміологічної служби Міністерства охорони здоров'я України здійснюється безпосередньо за рахунок бюджету Міністерства охорони здоров'я України, бюджету Республіки Крим, обласних бюджетів, бюджетів міст Києва і Севастополя, а також позабюджетних коштів.
Фінансування державної санітарно-епідеміологічної служби Міністерства оборони України, Міністерства внутрішніх справ України, Державного комітету у справах охорони державного кордону України, Національної гвардії України, Служби безпеки України здійснюється за рахунок асигнувань на охорону здоров'я, що виділяються цим міністерствам і відомствам з державного бюджету України, та позабюджетних коштів.
Розміри асигнувань, необхідних для забезпечення діяльності державної санітарно-епідеміологічної служби, мають відповідати науково обгрунтованим потребам і становити не менше 10 відсотків відповідних бюджетних коштів, що виділяються на охорону здоров'я.
( Частина четверта статті 35 втратила чинність на підставі Закону N 783-XIV ( 783-14 ) від 30.06.99 - редакція набирає чинності одночасно з набранням чинності Законом про Державний бюджет України на 2000 рік )