Фінансування органів, установ і закладів державної санітарно-епідеміологічної служби Міністерства охорони здоров'я України здійснюється безпосередньо за рахунок бюджету Міністерства охорони здоров'я України, бюджету Республіки Крим, обласних бюджетів, бюджетів міст Києва і Севастополя, а також позабюджетних коштів.
Фінансування державної санітарно-епідеміологічної служби Міністерства оборони України, Міністерства внутрішніх справ України, Державного комітету у справах охорони державного кордону України, Національної гвардії України, Служби безпеки України здійснюється за рахунок асигнувань на охорону здоров'я, що виділяються цим міністерствам і відомствам з державного бюджету України, та позабюджетних коштів.
Розміри асигнувань, необхідних для забезпечення діяльності державної санітарно-епідеміологічної служби, мають відповідати науково обгрунтованим потребам і становити не менше 10 відсотків відповідних бюджетних коштів, що виділяються на охорону здоров'я.
Джерелами фінансування державної санітарно-епідеміологічної служби також можуть бути:
надходження від плати за видачу дозволів, передбачених статтями 16, 17, 23, 25 цього Закону, та інших дозволів, видача яких віднесена законодавством до компетенції державної санітарно-епідеміологічної служби;
надходження від надання платних послуг;
кошти від участі у виконанні науково-дослідних робіт;
частина коштів у розмірі 10 відсотків від сум штрафів, стягнутих за постановами головних державних санітарних лікарів та інших посадових осіб державної санітарно-епідеміологічної служби;
добровільні внески підприємств, установ, організацій, благодійних фондів, громадян;
інші не заборонені законодавством надходження.