Фінансування діяльності Національного агентства здійснюється за рахунок коштів державного бюджету, коштів, отриманих як оплата робіт з акредитації та проведення ліцензійних експертиз, а також коштів, отриманих за надання інших послуг, пов’язаних із забезпеченням якості вищої освіти, у розмірах, що визначаються Національним агентством, грантів, наданих з метою підвищення якості вищої освіти в Україні, у тому числі тих, що надані для удосконалення системи оцінювання якості вищої освіти, інших джерел, не заборонених законодавством.