Фінансування діяльності Національного агентства здійснюється за рахунок коштів державного бюджету; коштів, отриманих як оплата послуг з акредитації освітніх програм; коштів, отриманих за надання інших послуг, пов’язаних із забезпеченням якості вищої освіти, у розмірах, що визначаються Національним агентством; грантів, наданих з метою підвищення якості вищої освіти в Україні, зокрема тих, що надані для удосконалення системи оцінювання якості вищої освіти; інших джерел, не заборонених законодавством.