Організаційне, фінансово-господарське, матеріально-технічне, інформаційно-довідкове та інше забезпечення діяльності Національного агентства здійснює секретаріат Національного агентства.
Секретаріат Національного агентства очолює керівник.
Положення про секретаріат, його структура і штатний розпис затверджуються Національним агентством.
Керівник секретаріату Національного агентства призначається на посаду Головою Національного агентства на підставі рішення Національного агентства строком на п’ять років з правом повторного призначення.
Одна і та сама особа не може бути керівником секретаріату Національного агентства більше ніж два строки.
Національне агентство двома третинами голосів затвердженого складу може прийняти рішення про дострокове звільнення керівника секретаріату Національного агентства відповідно до законодавства про працю.
Керівник секретаріату Національного агентства підзвітний і підконтрольний Національному агентству.
Заступники керівника секретаріату Національного агентства призначаються на посаду та звільняються з посади керівником секретаріату за погодженням з Національним агентством.