Секретаріат Національного агентства очолює керівник, який призначається на посаду та звільняється з посади Головою Національного агентства.
Керівник секретаріату Національного агентства підзвітний і підконтрольний Голові Національного агентства.
Керівник секретаріату Національного агентства має заступників, які призначаються на посаду та звільняються з посади Головою Національного агентства за поданням керівника секретаріату Національного агентства.