Організаційна структура підприємств, установ та організацій трубопровідного транспорту залежить від покладених на них завдань, визначається самими підприємствами, установами та організаціями і затверджується органами, що здійснюють управління майном цих підприємств. Ці органи визначаються Кабінетом Міністрів України.