Організаційна структура підприємств (крім оператора газотранспортної системи), установ та організацій трубопровідного транспорту залежить від покладених на них завдань, визначається самими підприємствами, установами та організаціями і затверджується органами, що здійснюють управління майном цих підприємств. Ці органи визначаються Кабінетом Міністрів України.
Організаційна структура оператора газотранспортної системи визначається та затверджується у порядку, встановленому установчими документами оператора газотранспортної системи.