Центральні органи виконавчої влади, до компетенції яких належать питання транскордонного співробітництва, відповідно до законодавства:
надають правову, інформаційну, методичну, організаційну підтримку суб'єктам і учасникам транскордонного співробітництва України;
погоджують у порядку, встановленому Кабінетом Міністрів України, участь суб’єктів транскордонного співробітництва у заснуванні об’єднання єврорегіонального співробітництва або відмовляють у такому погодженні з підстав, визначених частиною п’ятою статті 9 - 2 цього Закону та відповідно до законодавства і міжнародних договорів України, згода на обов’язковість яких надана Верховною Радою України;
{Статтю 12 доповнено новим абзацом згідно із Законом № 2515-VIII від 04.09.2018 }
розробляють та забезпечують реалізацію порядку фінансування проектів (програм) транскордонного співробітництва, що отримали фінансування в рамках програм міжнародної технічної допомоги;
{Статтю 12 доповнено новим абзацом згідно із Законом № 2515-VIII від 04.09.2018 }
надають правову, інформаційну, методичну, організаційну підтримку суб’єктам і учасникам транскордонного співробітництва України;
розробляють порядок підготовки проектів (програм) транскордонного співробітництва та державних програм розвитку транскордонного співробітництва;
розробляють положення про проведення конкурсу проектів (програм) транскордонного співробітництва, які претендують на включення до державних програм розвитку транскордонного співробітництва;
проводять моніторинг виконання державних програм розвитку транскордонного співробітництва;
розглядають пропозиції суб'єктів суб’єктів транскордонного співробітництва України щодо включення проектів (програм) транскордонного співробітництва до державних програм розвитку транскордонного співробітництва;
здійснюють у межах своєї компетенції координацію та взаємне узгодження державних галузевих, регіональних програм і державних програм розвитку транскордонного співробітництва під час формування проекту Державного бюджету України на відповідний рік.