Центральні органи виконавчої влади, до компетенції яких належать питання транскордонного співробітництва, відповідно до законодавства:
надають правову, інформаційну, методичну, організаційну підтримку суб'єктам і учасникам транскордонного співробітництва України;
розробляють порядок підготовки проектів (програм) транскордонного співробітництва та державних програм розвитку транскордонного співробітництва;
розробляють положення про проведення конкурсу проектів (програм) транскордонного співробітництва, які претендують на включення до державних програм розвитку транскордонного співробітництва;
проводять моніторинг виконання державних програм розвитку транскордонного співробітництва;
розглядають пропозиції суб'єктів транскордонного співробітництва України щодо включення проектів (програм) транскордонного співробітництва до державних програм розвитку транскордонного співробітництва;
здійснюють у межах своєї компетенції координацію та взаємне узгодження державних галузевих, регіональних програм і державних програм розвитку транскордонного співробітництва під час формування проекту Державного бюджету України на відповідний рік.