Бойові прапори, які зазнали значних пошкоджень або від часу постаріли і ремонт та реставрацію яких провести неможливо, підлягають заміні.
Для прийняття рішення про заміну Бойового Прапора або проведення його ремонту Бойовий Прапор оглядається спеціально призначеною комісією штабу вищого рівня за участю начальника штабу військової частини. В акті огляду зазначаються всі дефекти, які є на Бойовому Прапорові, причини їх виникнення, а також висновок комісії про заміну Бойового Прапора або проведення його ремонту. Акт огляду Бойового Прапора затверджується начальником штабу виду Збройних Сил України, оперативного командування, а також начальником відповідного управління центрального апарату Міністерства оборони України, яким і приймається рішення про заміну Бойового Прапора або проведення його ремонту.
Відповідно до рішення про заміну Бойового Прапора штабом виду Збройних Сил України, оперативного командування, начальниками управлінь центрального апарату Міністерства оборони України подається заявка на виготовлення нового Бойового Прапора, яка разом із затвердженим актом надсилається до Центрального речового управління тилу Збройних Сил України. Копії акта та заявки подаються до Головного організаційно-мобілізаційного управління та управління служби військ і режиму Генерального штабу Збройних Сил України.
Центральне речове управління тилу Збройних Сил України у встановленому порядку доставляє новий Бойовий Прапор до військової частини таємним порядком.