Систему Служби безпеки України складають Центральне управління Служби безпеки України, підпорядковані йому регіональні органи, органи військової контррозвідки, військові формування, а також навчальні, науково-дослідні та інші заклади Служби безпеки України.
{Частина перша статті 9 із змінами, внесеними згідно із Законом № 2592-VI від 07.10.2010 }
Організаційна структура Служби безпеки України визначається Президентом України.
Центральне управління Служби безпеки України, інші органи та установи, що входять у систему Служби безпеки України, є юридичними особами, мають печатку із зображенням державного герба України та своїм найменуванням, інші печатки і штампи, рахунки в банках, у тому числі валютні.
Для організації і проведення антитерористичних операцій та координації діяльності суб'єктів, суб’єктів, які ведуть боротьбу з тероризмом чи залучаються до антитерористичних операцій, при Службі безпеки України функціонує Антитерористичний центр. Положення про Антитерористичний центр при Службі безпеки України затверджується Президентом України за поданням Кабінету Міністрів України.
{Статтю 9 доповнено частиною четвертою згідно із Законом № 965-IV від 19.06.2003 ; в редакції Закону № 2997-IX від 21.03.2023 }