Систему Служби безпеки України складають Центральне управління Служби безпеки України, підпорядковані йому регіональні органи, Служба безпеки Республіки Крим, органи військової контррозвідки, військові формування, а також навчальні, науково-дослідні та інші заклади Служби безпеки України.
Організаційна структура Служби безпеки України визначається Президентом України.
Центральне управління Служби безпеки України, інші органи та установи, що входять у систему Служби безпеки України, є юридичними особами, мають печатку із зображенням державного герба України та своїм найменуванням, інші печатки і штампи, рахунки в банках, у тому числі валютні.