Державний контроль за провадженням рибогосподарської діяльності здійснюється центральним органом виконавчої влади у галузі рибного господарства та органами рибоохорони з метою забезпечення:
реалізації державної політики у галузі вивчення, охорони, відтворення, раціонального використання водних біоресурсів, їх переробки та ведення аквакультури;
підтримання балансу між виробничими потужностями користувачів, наявними запасами водних біоресурсів та їх репродуктивним потенціалом;
виконання зобов'язань за міжнародними договорами України щодо збереження та раціонального використання водних біоресурсів під час провадження рибогосподарської діяльності у водах за межами юрисдикції України;
запобігання виснаженню рибогосподарських водних об'єктів (їх частин);
державного контролю за кількістю, якістю, видовим складом імпортованої в Україну продукції водних біоресурсів;
захисту прав і законних інтересів фізичних та юридичних осіб, що одержали квоти на вилов водних біоресурсів, шляхом регулювання імпорту в Україну тих видів водних біоресурсів, які використовуються у водних об'єктах України вітчизняними користувачами.